Seit jeher werden Hochschulen in Fakultäten unterteilt, um juristisch und wissenschaftlich einheitlich zu wirken: Verwandte und thematisch nahe Studiengängen werden in Fakultäten zusammengefasst. Dies kann je nach Universität und Schnittmenge der Studienrichtungen unterschiedlich geschehen. In der Regel bilden Medizin und Rechtswissenschaft ihre eigenen Fakultäten. Innerhalb einer Fakultät nutzen verwandte Studiengänge oft dieselben Räume. Dies beinhaltet meist Bibliotheken, Labore und Werkstätten. Diese Unterteilung basiert nicht nur auf finanziellen Gründen, sondern ist wissenschaftlich wichtig, da sich viele Studiengänge überschneiden.
"Fachbereiche" waren lange Zeit an vielen deutschen Hochschulen die Bezeichnung für die universitären Teilungseinheiten. Vor einigen Jahren wurden diese jedoch weitestgehend wieder in "Fakultäten" benannt. An einigen Hochschulen gibt es jedoch beide Bezeichnungen: Hier sind die Fachbereiche dann Teileinheiten der Fakultäten.
Neben administrativen und selbstverwaltenden Organen der Hochschule bilden Fakultäten die nächst höhere Instanz. Was der Kanzler oder Präsident für die gesamte Hochschule bedeutet, ist im Bereich der Fakultäten der Dekan als oberste Spitze. Dekane unterzeichnen sowohl Promotionen als auch Habilitationen aus ihren Fachbereichen. Gewählt wird der Dekan vom Fakultätsrat, der sich aus verschiedenen Parteien zusammensetzt, zu denen auch Vertreter der Studierenden gehören. In diesem Gremium werden verwaltungstechnische Angelegenheit geklärt, wie die Verwendung von Geldern innerhalb des Bereiches.
Innerhalb der Fakultäten und Fachbereiche unterteilen sich die einzelnen Studiengänge in sogenannte Institute. So können zum Beispiel die Institute für Klassische Archäologie und Ägyptologie dem Fachbereich der Geschichtswissenschaft angehören (der an einigen Hochschulen wiederum der Fakultät für Geisteswissenschaften angegliedert sein kann).
Die zentrale Instanz für Studierende im Bereich der Fakultäten sind die jeweiligen Prüfungsämter. Bewerbungen, Anträge oder Anmeldungen für Kurse fallen an dieser Stelle an, sofern der Studiengang der jeweiligen Fakultät angehört. Seit Einführung des Bachelorstudienganges sind die Prüfungsämter der Fakultäten auch für die speziellen Masterbewerbungen zuständig, unabhängig vom zugehörigen Institut.
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